ذکر این نکته لازم است که امروزه با زیاد شدن تعداد شاگردان در درسهاى شلوغ و پرجمعیت، کیفیت درسهاى خارج، بیش از پیش کاهش یافته است .
حضرت آیةاللّه العظمى جنّاتى با اشراف کامل به نقاط قوت و ضعف تدریس در حوزههاى علمیه و با بهرهگیرى از نیم قرن تجربه تحصیل، تحقیق، تدریس و درک محضر فحول فقهاى نجف و قم، شیوه تازهاى پاى نهادهاند. ایشان در تدریس خارج فقه و اصول خویش، ضمن حفظ و احیاى امتیازات دروس معمول در حوزهها، به گزینش درست مطالب و حذف زواید و مطالب وقتگیر و بىثمر تأکید دارند و بیشتر به بازپرورى ابحاث ناب و پرفایده اصول و فقه همت مىگمارند.
در این شیوه استاد به دفاع از نظریههاى خویش مىپردازد و شاگردان نیز آماده و با روحیهاى نقادانه در درس حاضر مىشوند و به همراه آموختن درس، شیوه اجتهاد و نظریهپردازى را مىآموزند .
از جمله ویژگىهاى بارز حضرت آیة اللّه العظمى جنّاتى در تدریس، عنایت به اصل «شاگرد محورى» است و روش «استاد محورى» در تدریس معظم له دیده نمىشود. ایشان ضمن جرأت و میدان دادن به شاگردان در جلسه تدریس، بگونه عملى راه استنباط احکام و جزئیات آن را در هر مسأله و فرعى عنوان مىکنند . به عبارت روشنتر تدریس ایشان را مىتوان تلفیقى از روش سنتى و شیوه مدرن نامید که مىتواند در پرورش نیروى انسانى کارآمد براى حوزه، بسیار کارساز باشد .
این شیوه همچنان از سوى ایشان پیگیرى مىشود و البته از نظر معظم له گام کوچکى براى اصلاح ساختار آموزشى حوزههاى علمیه است. گفتنى است ایشان جهت ایجاد نظام آموزشى مطلوب در حوزه علمیه، نظریههایى نیز ارائه دادهاند که در جاى خود بیان شده است .